原始传奇的神石不能直接合并成一块后放入装备，正确方式是先解锁觉醒装备上的神石孔，再把不同属性或相同属性的神石分别放入多个孔位。神石系统入口位于庄园的神石商人处，功能通常需要开服达到30天后开放；只有觉醒装备能够镶嵌神石，未觉醒装备即使拥有空位也无法使用。进入神石商人界面后，选择神石镶嵌，放入目标装备，按顺序开启孔位，再从背包选择神石确认镶嵌即可。
神石镶嵌部位主要包括盾牌、面纱、勋章、玉佩、疗伤石和斗笠，共6个部位，每个部位最多拥有3个孔位，全部开启后合计18个孔位。开孔需要消耗传奇币，常见消耗顺序为第一个孔1万、第二个孔3万、第三个孔5万，单个部位三孔合计9万传奇币，实际操作时应按照神石商人界面显示的费用准备资源。建议前期先开盾牌、勋章或玉佩的第一个孔，优先把有限的传奇币投入主属性装备，不要一开始就平均解锁全部18个孔位。
所谓把神石镶嵌在一起，实际是利用多个装备孔位叠加同类属性，但同一种神石最多只有3个能够生效，超过3个后多出的属性不会继续增加。需要堆穿透时，可将3块穿透神石分别放入三个不同部位或三个孔位；需要兼顾生存时，则把防御、魔防、准确等属性分散搭配。不要把同类型神石塞满18个孔，否则会浪费孔位和传奇币，第四块开始应改用其他属性，或者回收成神石精华。
不同职业的组合重点不同，战士优先考虑双防，再补穿透和敏捷，适合盾牌、勋章等防御相关部位先开孔；道士通常优先穿透、准确和攻击，适合把前三个有效孔集中在输出属性上；法师则以穿透、准确和魔法防御为主，在刷怪时提高输出，在团战或对抗法术伤害时补足魔防。前期只有少量神石时，优先凑出3块核心属性即可；中期再逐步补齐6个部位的孔位；后期获得高等级神石后，替换同类低等级神石，并检查同类属性是否已经达到3块生效上限。
如果想把材料合成更高阶神石，应进入神石商人的神石淬炼功能，而不是在镶嵌界面强行叠放。常见淬炼配方为1个天外神石、20个神石精华和2万传奇币合成神秘之石；多余或不适合职业的神石可以先回收为神石精华，再用于后续淬炼。实际顺序应是先确定职业需要的三类属性，再开孔、镶嵌和替换，避免为了追求孔位数量消耗大量传奇币，却因同类神石超过3块而出现属性不生效的情况。